法院确实可以直接指定鉴定机构进行司法鉴定，尤其是在当事人双方协商不成选定鉴定人时。依据《民事诉讼法》的相关条款，法院有权介入并确保鉴定过程的顺利进行，以便及时查明案件事实并认定证据。
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在法院指定鉴定机构时，会考虑机构的权威性、专业性和公正性。这样的选择是为了确保鉴定结果的准确性和可信度，从而不影响案件的公正审理。法院还可以指定无费用的司法鉴定，确保司法公正不受经济因素影响。
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法院在委托鉴定时，会依法出具委托书并明确指定鉴定机构。同时，鉴定过程也必须遵循法定程序，确保结果的公正性。当事人若自行委托鉴定，应选择合法机构并签订委托协议，以保障自身权益并促进案件的顺利解决。法院对鉴定机构的指定和监督，都是为了确保司法鉴定的公正、公开和合法。