公司罚款1000元不合法。依据《劳动法》，公司无权罚款，但可按劳动合同约定要求赔偿损失。不及时处理可能导致劳动者权益受损，引发劳动争议。
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公司罚款常通过协商或劳动仲裁处理。若损失轻微，建议协商；若协商无果或损失较大，可选择劳动仲裁，以维护自身权益。
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公司罚款不合法。处理方式：1.与公司协商，说明情况，争取撤销罚款；2.若协商不成，收集证据，如罚款通知、工资单等；3.向劳动仲裁委员会提起仲裁，要求确认罚款违法并返还。