公司扣三天工资作为迟到惩罚不公平。根据《工资支付暂行规定》，因劳动者原因造成损失可扣工资，但每月扣除不得超过工资的20%。迟到一小时就扣三天工资显然超出了合理范围，若不及时处理，可能损害员工权益，引发劳动争议。
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迟到扣工资不合理。处理方式：1.与公司人事沟通，了解扣罚依据，提出异议；2.收集证据，如考勤记录、工资条等；3.若沟通无果，向劳动仲裁委申请仲裁，要求恢复被扣工资；4.必要时，可寻求法律援助，提起诉讼。
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迟到扣工资问题，常见处理方式是协商或劳动仲裁。应先与公司沟通，说明迟到原因并协商合理扣罚；若协商无果，可向劳动仲裁机构申请仲裁，维护自身合法权益。