指纹鉴定应去司法鉴定机构进行。根据《司法鉴定程序通则》，指纹鉴定需由法院指定或双方协商的司法鉴定机构进行，确保公正。不及时处理可能导致证据失效，影响案件结果。
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指纹鉴定常见处理方式为申请司法鉴定。选择处理方式时，应先立案并写司法鉴定申请书提交法庭，等待法官通知选择机构，确保程序合法且结果公正。
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指纹鉴定去司法鉴定所。具体操作：1. 向公安或法院申请立案；2. 书写司法鉴定申请书并提交；3. 等法官通知，以摇号等方式选鉴定机构；4. 向机构提交鉴定意见和理由；5. 最后收取并查看鉴定结果。