您的女儿已满16岁并意外怀孕，完全可以对男方提起诉讼。按照《民事诉讼法》的规定，只要符合与案件有直接利害关系、有明确被告、有具体诉讼请求和事实理由，并且属于法院受理范围，就可以提起诉讼。为了避免证据丢失和权利受损等不良后果，建议您尽快采取行动。
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针对这种情况，可以选择多种处理方式，包括但不限于民事诉讼和调解。选择方式时应全面考虑案情、证据、时间和成本等因素。若您希望通过法律途径解决并有明确诉求及充分证据，民事诉讼是一个合适的选择；若双方愿意妥协并有可能修复关系，则可以考虑调解。
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对于16岁女儿意外怀孕的情况，您可以起诉。具体操作包括：收集案件相关的证据，如通信记录、医疗证明等；明确被告信息；向法院提交诉状并提出明确的诉讼请求、事实与理由。若情况复杂或证据不足，建议您寻求专业律师的协助。此外，还需考虑其他可能的处理方式，如调解或刑事报案，根据具体情况来决定最合适的方式。